Фонд начал работу в 2001 году с масштабного проекта «Разработка контуров социально-экономической стратегии Северо-Запада России». Проект стал, по сути, первой попыткой концептуально осмыслить стратегию развития региона как единого территориального образования. Сегодня разработка стратегий, программ развития регионов и отдельных субъектов Федерации является одним из наиболее важных проектных направлений работы Фонда. В целом подготовлено свыше 30 долгосрочных стратегических документов для регионов России. Документы получили одобрение в Министерстве регионального развития РФ, ряд из них удостоен премий на специализированных конкурсах. В период кризиса 2008-2010 специалистами Фонда проводилась актуализация стратегических документов для ряда регионов, выявлялись новые ресурсы и источники развития.

Исходя их приоритетов, заявленных в долгосрочных стратегиях, эксперты Фонда подготавливают также среднесрочные программы социально-экономического развития, ДРОНДы и другие документы. Для ряда регионов разрабатываются отраслевые стратегии для наиболее перспективных секторов экономики. Также экспертами Фонда подготовлены несколько стратегических документов для муниципалитетов, ставших пилотными.

Работа по этому проектному направления стартовала с серии инициативных исследований современных процессов урбанизации и формирования агломераций. Начиная с 2008 года ключевым объектом изучения в этой области становится исследование мировых трендов городского развития, данные которого постоянно актуализируются. Особенное внимание экспертов Фонда привлекли моногорода, проблемы диверсификации экономики которых серьезно осложнились экономическим кризисом.